唐鱼(Tanichthys albonubes)是为数不多的几种原产中国的世界性观赏鱼类之一。自2003年以来,多个唐鱼野生种群相继被发现,其濒危状态和等级由野外灭绝降为极危。为研究唐鱼养殖种群与广州附近野生种群之间的遗传关系,本文分析了唐鱼3个代表性养殖种群和4个野生种群,共计186个样本的CytbR428基因、2个核基因(ENC1和RAG1)以及13个微卫星位点数据。基于K2P模型的遗传距离结果显示,唐鱼野生种群间的遗传距离在0.005–0.015之间,养殖种群间的遗传距离为0.001–0.009。系统发育分析表明,唐鱼养殖种群包含4个单倍型谱系分支,其中2个分别与广州附近2个野生种群聚Selleck在一起,另外2个分别独立成支。单倍型网络亲缘关系分析显示,清远种群只有1个单倍型且与芳村养殖种群共享,芳村养殖种群拥有最多的单倍型。基于微卫星数据的STRUCTURE分析表明,所有种群最佳分簇数为2,清远种群与养殖种群聚为一簇,良口和石门种群聚为另一簇。主成分分析结果显示,养殖种群高度重可能叠并能与野生种群分开,清远种群与养殖种群存在部分重叠。利用IMa3的基因流分析表明,存在清远种群至芳村养殖种群的单向基因流。综合本文结果,作者认为唐鱼养殖种群应起源于广州附近多个野生种群。清远种群来源于养殖种群中的芳村养殖种群。建议在未来唐鱼的保护策略中,应禁止不规范的放流活动并且禁止将不同野生种群补充至养殖种群,同时加强唐鱼养殖种群和野生种群的遗传资源管理和持续监测。